复旦大学本科软件工程专业创设于2003年，由国家示范性软件学院负责建设。2007年该专业获批教育部三个特色专业建设点：软件工程专业系统软件方向、软件工程与企业信息化方向、数字媒体方向；2009年获批教育部国际化创新型软件人才培养模式实验区；2014年开展本科生卓越工程能力培养，通过设置卓越工程强化课程、工程能力培养课程、校内实训课程等，提升了学生的工程实践能力和国际视野；2017年结合新工科建设和工程专业认证，进行课程体系改革；2020年，借鉴国际知名高校培养理念，对标国际工程教育专业认证标准和补充标准，构建了突出创新能力培养的“2+X”本科培养体系，该体系强调德智体美相互融合，注重知识结构和能力综合培养，通过学分制，提供了结合荣誉课程的深度专业进阶、跨学科发展、创新创业等多种路径，更好地为学生创造专兼结合、互相贯通的多元发展空间，充分体现“通识教育、专业培养、多元发展”为原则构筑的厚基础、高质量的多元育人特色。
学院人才培养以核心软件产业发展和人才需求趋势为导向，以服务国家重大战略需求为牵引, 融合新型计算、人工智能、网络空间安全相关学科建设内容，以复旦大学多学科交叉融合优势和系统能力培养特色为基础，旨在培养具有家国情怀、科学精神、国际视野和专业素养的高层次核心软件研发和工程管理人才。
学院始终坚持把思政工作教育贯穿专业人才培养的全过程，通过思政示范课程建设引导学生面向国家战略需求、人类未来发展、思想文化创新和基础学科前沿，树立为国家核心软件和计算机产业发展做出卓越贡献的责任感和使命感。
学院按国际化标准建设先进教学体系，结合软件行业技术发展趋势，精心设计教学计划，改革教学方法，强化实训课程和科创实践，充分融合基础理论教学与科研兴趣、实际应用能力。注重学生创新精神与创新能力的培养，积极吸收国际先进的教学理念和教学方法，拓展学生的国际视野，以培养富有创新能力和国际竞争力的高层次创新型人才。学院承担了多项国家级和省部级教学改革项目，结合一流学科建设，用一流的师资支撑一流本科教育，深入开展教育教学改革。
学院在课程体系和教学内容构建中，从系统观的角度梳理出各课程的知识图谱，训练学生具备综合运用跨课程、跨领域的知识点进行创新性思考以及分析、解决问题的能力。在专业课程教学中，通过消化吸收国外原版教材和课程内容使得专业教学内容和方式与国际先进接轨。与此同时，学院非常注重课程教学与实践实训的有机结合，积极改革课程评价体系，将实践教学环节和工程教育理念融入课程教学中，通过有针对性的项目实践，强化基本技能，提升学生系统分析、设计、实现的综合能力。通过校企合作、企业课程共建、聘请外教等多种方式强化软件工程专业课程体系建设，突出基于云的软件开发、维护和部署对于软件工程理论基础和实践能力的新要求。此外，学院还改变期末一张试卷定成绩的考评机制，改为由实验、实践项目、随堂测验、论文、面试、考试等多种形式相结合评价机制。在低年级强化基本理论和基础技能，在高年级通过综合设计实验等环节，培养具备解决复杂工程问题的综合专业能力。
学院注重多层次的国际化办学，为学生提供了丰富的国际交流机会。与澳大利亚国立大学合作开展本科双学位联合培养项目；与美国斯蒂文斯理工学院、新加坡管理大学签订了交流项目交换生计划。定期聘请美国、加拿大、英国等国家的专家学者来学院授课或开设讲座。同时，建立了面向国际化培养模式的软件工程全英文硕士项目，依托与澳大利亚国立大学等国际合作伙伴的科研合作开展国际化研究生培养。
学院积极鼓励和引导本科生参与学术研究。优秀学生从二年级开始进入各实验室参加科研项目；同时还设有创新基金，鼓励学生在教师指导下自主创新探索研究。自学院成立至今，学院学生获得包括全国挑战杯一、二等奖在内的多项创新奖励。学院还组建了信息安全竞赛队伍：六星战队和白泽战队，获得了包括DEF CON 2020总决赛冠军（联合）在内的多项国际、国内重要比赛的成绩。
学院在人才培养中始终坚持以马克思主义为指导，扎根中国大地了解国情民情，践行社会主义核心价值观，传承弘扬中华优秀传统文化。鼓励学生积极参与社会实践，多次组织和支持学生参与贫困地区助学支教、科技下乡活动以及进博会等公益志愿者活动。
通过先进的国际化创新型培养，学院学生在学术研究和产业创新上具备了独特的优势。毕业生中有成为全国百篇优博、年仅30岁即晋升为教授博导并且主导研发了鸿蒙操作系统，为国家信息技术发展做出重要贡献的创新型研究人才。在专业课程培养和创新思维的引导下，毕业生在业界也初露头角，出现了开源中国社区的共同创始人，创办面向开发者的云端开发平台的扣钉网络(Coding)技术创业成功人士；也有在本科阶段就组建复旦大学晨曦网络工作室(入选“教育部首批大学生网络文化工作室”)，主导包括复旦大学主页在内的十余个校园网络项目开发，毕业后的创业项目获得多个投资，并成为首批复旦创新创业学院入驻团队的技术初创人士。学院创新型本科培养模式为学生提供了跨学科的发展空间，有入选复旦大学第十二批“人才工程（二期）”，并继续深造获复旦大学法学博士学位，作为国家选调生在湘西土家族苗族自治州凤凰县廖家桥镇基层锻炼，为当地脱贫致富努力耕耘的优秀青年人才；有作为合伙人共同创建赛瓦音乐录音棚(sailwav Music)，把所学专业知识与音乐作品制作相结合的交叉复合型人才